Skaftá er jökulá og eru upptök hennar í Skaftárjökli. Frá jökli liðast Skaftáin niður hálendið sunnan megin við Langasjó og niður á milli hinna fornu eldstöðva Lakagíga og Eldgjár. Eftir Skaftárdalnum hlykkjast áin niður á láglendið og rennur sunnan við þorpið Kirkjubæjarklaustur á leið sinni til sjávar.
Frá miðri síðustu öld hafa komið mörg jökulhlaup í Skaftána. Jökulhlaupin eiga uppruna sinn í tveimur kötlum undir jökli - Skaftárkatlar í Skaftárjökli, þegar brennsluvatn frá jarðhitasvæði í Skaftárjökli fer að renna í katlana. Hlaupunum fylgir megn brennisteinsþefur og bera þau fram aurleðju sem sest á bakka árinnar og getur valdið sandfoki og gróðureyðingu í umhverfi árinnar.
Á hálendinu koma þverár í Skaftá, meðal þeirra eru Nyrðri og Syðri Ófæra, Grjótá og Hellisá. Vatnasvið Skaftár við Skaftárdal er um 1400 m2 og meðalrennsli um 122 m3/sek. Framan við Skaftárdal greinist Skaftáin í margar kvíslar, Skaftárdalsvatn, en greinist síðar í þrjár kvíslar, vestast rennur Ása Eldvatnið sem rennur í Tungufljót þau verða að Flögulóni eftir það heitir þetta mikla vatn Kúðafljót. Árkvíslarnar renna um Eldhraunið og eiga sterkastan þátt í vatnasviði Landbrots og Meðallands.
Þá Skaftáin, hún rennur áfram austur með Síðu og fellur fram neðan við Kirkjubæjarklaustur með fram Landbroti þar rennur áin á frekar hallalitlu svæði breiðir úr sér og rennur nánast á sandbotni alla leið niður til ósa. Á leið hennar til ósa bætast í hana bergvatnsár og lækir. T.d. Breiðbalakvísl,Fossálar, Hæðargarðslækur og Tungulækur margir fleiri lækir renna í ána og sumir þeirra tengjsat smá vötnum. Skaftáin og vatnasvæði hennar neðan Kirkjubæjarklausturs er vel þekkt og vinsælt Veiðisvæði. Eins er með vatnasvæði Skaftár í Meðalandi þar eru mikil veiðisvæði í t.d. í Eldvatni og Steinsmýrarflóðum.
